일부 언론에서는 윤성규 후보자의 2013년 2월 박사학위 논문과 똑같은 논문을 또 발견해 짜깁기 전모가 드러났다고 비판한 바 있다.
이에 대해 25일 환경부는 후보자의 박사학위 논문 자기표절과 관련해서 논문 초안에 인용표기를 해 제출했으나 심사 과정에서 심사위원들의 지적에 따라 인용표기를 삭제하게 된 것이라고 해명했다.
또한 ‘음식물 탈리액…’ 과 ‘막결합형…’ 논문을 짜깁기해 박사학위 논문에 사용했다는 의혹제기에 대해서는 두 논문과 후보자의 박사학위 논문은 동일시기에 동일시설(I시 C사의 시설)에서 채취한 음폐수 시료를 사용했기 때문에 음폐수의 성상은 유사한 것으로 나타난 것이라고 덧붙였다.
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